Факултет заштите на раду у Нишу основан је 3. 3. 1972. године као самостална образовна и научна установа у оквиру Универзитета у Нишу. Прва генерација од 148 уписаних студената је започела своје студије у школској 1972/73. години.

Идеја о школовању кадрова за заштиту на раду реализована је 1965. године формирањем Одсека заштите на раду при Вишој техничкој школи у Нишу. Како је временом сазревала идеја формирања посебне високошколске институције за образовање стручњака за заштиту на раду, 1968. године донета је одлука да се у оквиру Техничког факултета у Нишу оснује, поред већ постојећих одсека, и Одсек заштите на раду. Те исте године је уписана прва генерација од 67 студената. Из састава Техничког факултета временом су се издвојили Електронски, Машински и Грађевински факултет. Одсек заштите на раду наставио је са радом у саставу Грађевинског факултета до школске 1972/73. године када је прерастао у посебан Факултет. Осим заштите на раду, 1988. године на Факултету основан је смер заштите од пожара, а годину дана касније и смер заштите животне средине.

 Данас је Факултет заштите на раду у Нишу акредитована високошколска установа са својством правног лица у саставу Универзитета у Нишу. Факултет је образовна и научна установа у оквиру које се реализују студијски програми основних, мастер и докторских академских студија и обавља се научноистраживачки рад.